Suurin osa muuttavista lintulajeista on jättänyt Suomen viimeistään syyskuun lopulla. Mustapääkertut aloittavat liikehdinnän yleensä syyskuun puolivälissä, riippuen suuresti sääoloista.
Juuri leutojen talvien ansiosta ja lisääntyneestä lintujen talviruokinnasta, on mustapääkertusta tullut entistä yleisempi talvilintu myös Pohjois-Suomessa.
Etupäässä Pohjanlahden rannikolla.
Pesimälintunakin mustapääkerttu on runsaasti lisääntynyt viime vuosina.
Vielä joitakin vuosikymmeniä sitten se oli lähinnä eteläisen Suomen laji, jolle kelpasivat vain parhaimmat lehtomaat.
Hiljalleen se on valloittanut myös Keski-Suomen ranta- ja jalopuulehtoja.
Joskus 1970-luvun puolivälissä se oli jo varsin yleinen Hämeessä ja eteläisessä Keski-Suomessa.
Koska mustapääkerttu on enempi tai vähempi sidoksissa lehtimetsiin, lehtoihin ja saniaiskasveihin, on sen Kainuun ja Lapin valloitus toistaiseksi ollut vaisua, kuten on myös muillakin kertuilla.
Täydellinen Lapin valloitus edellyttäisi mustapääkertulta sopeutumista karumpiin elinympäristöihin kuin mihin se on tottunut. Sen sijaan Oulun ja Kemin seuduilla se on jo vakituinen pesimälintu.
Kuten muutkin kertut, on myös mustapääkerttu varsin näkymätön pesimäaikaan. Pesän saattaa löytää sattumalta vaikkapa saniaisesta. Sen sijaan kerttujen mestarillista laulua kuulee alkukesästä sopivilla biotoopeilla useinkin.